La dirección administrativa argentina de la Entidad Binacional Yacyretá (EBY) es un punto crucial en el tablero de las relaciones bilaterales con el Paraguay y a la vez, generadora de conflictos entre Corrientes y Misiones. Por un lado, Paraguay insiste en que el país argentino ha restado cuatro décadas de supremacía a la administración paraguaya, por lo que reclama que a partir de la próxima gestión argentina de la EBY, no se dé lugar a la cogestión bilateral, sino que sea Paraguay el que prime en la administración con alternancia.